即便藤原泰衡自毁长城并表现出一副恭顺的态度来，源赖朝打一开始就没有打算放过他。
东北奥羽二州，土地广大，物产丰富，其高屋建瓴的战略地位尤其重要。当关东与西国有如一锅热粥在那里鼎沸鼓噪的时候，源赖朝无时无刻不在提防着身后的威胁。平泉馆中那位北方王者沉默地观望着中央的乱局，源赖朝如芒在背却也无可奈何，只能温言抚慰，期盼藤原氏持守中立，不至于倾向镰仓的对面。而今有资格逐鹿问鼎的豪杰之士纷纷轰然倒下，拔剑四顾，惟剩平泉。诸国既亡，齐亦不免。即便源赖朝愿意放过平泉，那些拥戴源赖朝的关东门阀势力也不会放过这个开拓疆土，掠取资财的大好时机。
文治五年（1189）六月二十五日，镰仓上书朝廷乞请讨伐藤原泰衡。这一次，京都的朝廷意料之中地失声了。与六波罗平家以及旭将军源义仲不同，平泉对待朝廷的态度一向敬服；只要不去触动他割据的本质，名义上的朝觐和供奉极少缺失。并且在后白河法皇心中，奥羽的强兵已经是他唯一可以用来制衡镰仓的救命稻草了。京都于是回书说源义经既已伏诛，天下略定，宜与民休息，据否了镰仓的请求。
没有朝廷认可的敕令，讨伐奥羽就会变成一场缺少大义名分，师出无名的私战；镰仓虽然向天下诸国发出了武者征集的总动员令，然而会有多少武士听令围聚到源氏的旗下呢。前九年战役中先祖源赖义征讨陆奥安倍氏的时候，因为被判定为私战而失去朝廷认可的大义名分，陷入苦战险险覆灭。此间旧事仿如昨日，正是源赖朝不得不审慎从事的原因所在。有所犹疑的源赖朝问计于左右，老将大庭景义对曰：“军中但闻将军号令，不从天子诏书。”赖朝闻言大喜，重重地褒奖了景义。
诸国兵马麋集镰仓，七月十九日，猛将畠山重忠作为前锋率领一千骑整装出发，讨伐奥羽藤原氏的战役于焉开始。随后诸军分三路进发，左路比企能员、宇佐美实政带队走北陆道。右路千叶常胤、八田知家带队走东海道。中路源赖朝自帅诸将，带队走东山道。车辚辚，马萧萧，总兵力号称二十八万，实为旷古未有的庞大军势。三路强兵有如泰山压顶，直指平泉馆包抄而去。诸道各国豪杰武人一路加势，旗帜鼓吹，不可胜数。
七月二十五日，源赖朝到达下野国宇都宫，在宇都宫大明神处做了战胜祈请。金砂围城中因为忤逆镰仓而被剿杀的常陆佐竹氏接获赦免的文书，兴高采烈前来参阵。和源赖朝一样，常陆佐竹也是出自清和源氏一脉。或许是为了说明与源赖朝血缘上的亲近关系，家督佐竹秀义高举代表源氏嫡流的纯白御旗昂藏而入。源赖朝见此大为不悦，将手中明月图案的折扇赐给佐竹秀义，命他绘制在军旗上以示区别，同时明令禁止随意使用纯白御旗的行为。此后各族门阀纷纷效仿，是为后世武士家纹之滥觞。
平泉馆这边，袭杀源义经的余波远没有平静。义经的首级被送往镰仓后不久，藤原泰衡再次诛杀了支持源义经的异母弟藤原忠衡。肃清不遵号令的内部之敌以后，泰衡终于能够自血泊中抬起头来，集合起纷乱的人心，腾出手来面对外患。只是此刻，他的对手已经放下温和的面具，露出了狰狞的本像。三路围剿过来的大军有如三条凶龙，风云激荡，席卷而至。藤原泰衡仓皇之间，又能如何招架呢？
八月，藤原泰衡命令庶兄藤原国衡以及悍将金刚别当秀纲率军两万在陆奥国阿津贺志山筑起坚城固守，自领本阵屯兵国分原以为后援，又令秋田三郎致文前往出羽国抵御镰仓支路的进击。
阿津贺志山，数万军兵即将血流成海，白骨没草之处，关东和奥羽龙虎冲撞的所在；治承四年（1180）以来的无间战乱眼看就要在这里收稍了。