有空需要仔细琢磨下!
之前的一个疑问比对参数:
hisat2 : --rna-strandness RF
cufflinks : --library-type fr-firststrand
Trinity: --SS_lib_type RF
tophat:--library-type fr-firststrand
STAR: --outSAMstrandField intronMotif
表达定量参数:
featureCounts -s 1
htseq-count -s yes
stringtie --rf