subprocess.call(['prokka', fastain, '-o', fastaout, '--prefix', pre])
按需要和其格式输入需要的参数，如我自己用的：
subprocess.call(['prokka', fastain, '-o', fastaout, '--prefix', pre, '--addgenes', '--locustag', pre, '--genus', 'Escherichia', '--species', 'coli', '--strain', pre, '--kingdom', 'Bacteria', '--gcode', '11', '--cpus', '72'])
添加完成后，保存文件，即可以使用。
使用方法：
python autoprokka.py -i 输入文件夹/ -o 输出文件夹/
即可，若要提取.gbk文件，则
python autoprokka.py -i 输入文件夹/ -o 输出文件夹/ -gbk